• インストーラが便利ですのでお勧めします。
  
• インストールフォルダを、public（見られて良いコード）とprivate（見られるとまずいコード）に分けているところが特徴的です。複数ドメインで運用しているので以下のようにしてみました。

/<ユーザーroot>/public_tml/www.hanatoyume.net>/public_html/
/<ユーザーroot>/private_tml/www.hanatoyume.net/private_html/      <--- 新規作成

PHPがセーフモードで実行されるため起きる問題
Last-Modifiedヘッダを出力すると500 Internal Server Error
PHPで出力されるContent-Typeが全てtext/htmlに書き換えられてしまう

• 単純なWikiとして使う場合はそのまま（セーフモード）で問題なく動作します。画像（添付）やサムネイルを使う場合は上記の問題が発生してしまいます（FireFoxの場合トップページも500エラーで表示できない場合があります）。推奨（？）されているセーフモードの回避PHPをCGIとして動かす方法についてだけでは上記すべてを解決できないため、完全にCGIとして動作させるようにしてみました。

1. index.php5ファイルのリネーム（または削除）
2. index.phpをindex.cgiにリネーム
3. index.cgiの先頭に１行を追加

   #!/usr/local/bin/php

4. index.cgiのパーミッションを755に変更
5. LocalSettings.phpの$wgScriptExtension値をphpからcgiに変更

   #$wgScriptExtension  = ".php";
   $wgScriptExtension  = ".cgi";

とりあえず、ちょっと動かしてみたところでは問題ないようですが、DokuWikiのほうが気に入っちゃったので検証できないかもしれません・・・。