個人的に認識している問題について。
ファイルアップロード等で新規にファイルやフォルダをPHP内で作る場合、オーナーがapache、属性644で作られるため、作成後の削除やなめ変更しようとするロジックでエラーとなる。
回避方法
サポートからセーフモードを回避する手順がアナウンスされています。
PHPをCGIとして動かす方法について
MediaWikiやDokuWikiで実施したところオーナーがちゃんと自分のユーザーで作成され、アップロード機能なども動作するようになりました。ただしこの方法はセーフモードではない代わりに「CGIモードではない」ような気がします。新たに後述の問題が発生します。
前述の回避方法を使うと確かにセーフモードは回避していますが、全くのCGIモードでは無いような感じがします。IEで見たときはうまく動いているように見えるのですが・・・
MediaWiki+FireFoxで同様の事象を確認。（IEだと大丈夫みたい・・・なぜ？？？） [tdiary] xrea で tDiary を正常に動かす方法(まとめ) Last-Modifiedに関する問題 XREA サポート掲示板
回避方法
下のやり方で動作できないか検証中
DokuWiki+FireFoxで確認。PHPがダイナミックにCSSファイルを返す場合、PHPロジックでContent-Type=text/cssを明示してもtext/htmlに上書き変更されてしまうため、FireFoxで正しくCSSを適用できない。（IEの場合、ファイルの中身までパースして判断するためちゃんと（？）表示できる）
回避方法
完全なCGIモードとして動作させた場合に回避可能であることを確認しました。スクリプト名を*.php→*.cgiに変更し、コードの先頭に#!/usr/local/bin/phpを追加します。